火影忍者手游的任务系统主要分为主线剧情任务、日常任务、周常任务和特殊活动任务四大类。主线剧情任务围绕火影忍者原著故事展开，玩家通过完成这些任务可以逐步解锁新地图和角色，深入了解火影世界的故事情节。日常任务每天刷新，包括副本挑战、资源收集、PVP对战等类型，是获取基础资源的主要途径。周常任务每周更新一次，难度和奖励都高于日常任务，通常需要完成特定副本或收集特殊材料。特殊活动任务则与游戏内节日或主题活动相关，具有时效性和独特性。
主线剧情任务按照原著故事线设计，玩家将跟随鸣人、佐助等主角经历忍者学校的成长、中忍考试、晓组织对抗等经典剧情。这类任务不仅还原了动漫中的重要战斗场景，还通过CG动画和原版配音增强了沉浸感。完成主线任务能获得角色经验、装备材料和忍者碎片等奖励，是新手玩家提升战力的必经之路。随着剧情推进，任务难度会逐渐提高，需要玩家合理搭配忍者阵容和技能组合。
日常任务系统包含多种类型，如经验副本、金币副本、试炼之地等资源获取任务，以及武斗祭、小队突袭等PVP玩法。经验副本需要玩家在限定时间内击败高经验值敌人；金币副本则要求保护金币车安全到达终点。试炼之地会随着主线进度解锁更高难度，产出修行值和忍者碎片。日常任务设计注重效率，部分副本支持自动战斗功能，玩家可根据时间安排优先完成高收益任务。
周常任务和特殊活动任务更具挑战性。周常任务通常需要组队完成，如组织迎击叛忍、丰饶之间团队副本等，奖励包含稀有装备和高级材料。特殊活动任务往往结合节日主题设计限时玩法，完成可获得限定忍者或装饰道具。任务集会所每天会发布不同难度的团队任务，需要派遣特定条件的忍者参与，任务完成速度与派遣忍者数量相关。这类任务考验玩家对忍者特性的理解和阵容搭配能力。
任务系统的活跃度机制鼓励玩家全面参与各类任务。完成指定数量的日常和周常任务可获得活跃度宝箱，内含铜币、忍具强化材料和忍者碎片等奖励。合理规划任务顺序能提升效率，如优先完成高活跃度任务或组队任务。部分PVP任务需要在特定时间段参与，玩家应注意活动开放时间。任务奖励的资源和道具对角色成长至关重要，是战力提升的基础保障。
